Prof. Nathues ist seit 2011 Leiter der Schweineklinik an der Vetsuisse-Fakultät der Universität Bern. In den letzten Jahren war er Präsident des European College of Porcine Health Management (ECPHM) und ist derzeit Präsident des European Board of Veterinary Specialty (EBVS), das mehr als 5.000 europäische Veterinärspezialisten aus verschiedenen Disziplinen und Tierarten vertritt. Er ist außerdem Chefredakteur der Zeitschrift „Porcine Health Management“, Honorarprofessor an der Jiangtsu Academy of Agricultural Science, Nanjing, und war Gastprofessor an der City University of Hongkong. Sein Forschungsschwerpunkt liegt auf der Diagnose, Epidemiologie sowie Krankheitsprävention und -kontrolle von Virus- und Mykoplasmen-Infektionen bei Schweinen. Er hat über 140 hochrangige Arbeiten veröffentlicht und wurde mehr als 1300 Mal zitiert.